贝贝一位宇航员，坐入特制的太空舱内，准备带着小伙伴们启航，这时传来喊声，原来是飞船偏离了预订的航线，撞上了这个宇宙中最柔软的弹弹星球，莱卡从旁边走了过来，他世界上第一只飞上太空的狗狗，他又把鱼缸当做自己的头盔了，这种事情在他的生活中很常发生。莱卡想摘掉头盔。却不小心一个踉跄差点摔倒，幸亏维迪用机械臂把他扶了起来，维迪是这艘飞船上的机械师，负责修理飞船、照顾莱卡和督促贝贝训练。
忽然，仪表盘闪烁红光，维迪突然发现了什么，原来是反派魔鬼蛋。魔鬼蛋的船立刻向大家飞了出来，贝贝也组织大家立刻迎战。可强大的魔鬼蛋以一敌三，战局陷入了焦灼。正在战斗激烈之时，狡诈的魔鬼蛋用乌云遮住了莱卡的鱼缸，失去方向的莱卡晕头转向，不小心卡住了维迪的机械臂，局面一片混乱。关键时刻，贝贝学起了魔鬼蛋，他扔出了宇航服上的云团，遮住了魔鬼大的双眼，这才救下了两个伙伴。不过危机只是短暂解除，还不能掉以轻心。
首次告败，太空舰队里的大家都有些心情低落，太空船长最喜欢看的动画片，也没心情看了，小黄鸭机械师也将脑袋缩进翅膀里。只有莱卡像是不会受到打击一样，仍然微笑着鼓励着大家，虽然莱卡看起来呆萌呆萌的，但是他的脑袋就这么大，装满了爱和伙伴，再也装不下失落和沮丧了。在莱卡的感染下，大家也渐渐地振作起来。振作起来的贝贝，开始制定训练计划，维迪也默默地在修复破损的飞船，并且连夜研发了贝贝的专属武器——一架大炮。在寻找魔鬼蛋的日子里，英勇的太空舰队已经做好了迎战的万全准备。可是魔鬼蛋却迟迟没有到来，原来他是要搞偷袭。
贝贝现在降落的这颗星球正是魔鬼蛋的飞船伪造的，滚滚烟尘中，星球变成了魔鬼蛋的飞船，训练有素的宇宙舰队反应迅速，立刻组织反击。莱卡用鱼缸砸中了魔鬼蛋的飞船，随后维迪伸出机械臂，精准拆毁了魔鬼蛋飞船的外壳，此时贝贝也掏出了大炮，瞄准了魔鬼蛋，魔鬼蛋瑟瑟发抖起来。然而，贝贝始终没有开炮，因为这样会伤到莱卡和维迪，只见他操作飞船向前滚动，用身体重重的撞要了魔鬼蛋的飞船，用自己的太空舱给了他最后一击。
烟雾散去，魔鬼蛋被打得奄奄一息战栗地求饶，贝贝摸了摸鼓起大包的脑袋。缓缓地向魔鬼蛋伸出了手，想借此机会让魔鬼蛋改过自新。魔鬼蛋突然发出一声冷笑，与此同时，莱卡头上的鱼缸咔嚓一声碎裂开来，维迪想伸出机械臂扶起来卡，却发现机械手臂已经解体了，贝贝转向朋友们，却没有注意到背后的魔鬼蛋得意的按下了飞船自毁的按钮。尖锐的爆炸倒计时，昭示着大家处于危险之中。贝贝看了看身边的伙伴，又看向飞船玻璃印出的自己，此刻，关于伙伴们的回忆涌上心头。他们的自己总需要在小黄鸭的严厉管教下才会努力训练，不够勇敢但每次因为莱卡的微笑而重新鼓起勇气。他不是最完美的船长，却拥有了最好的伙伴。
贝贝咬紧牙关，主动挡在在莱卡和维迪面前，双眼紧闭，大喊道让维迪莱卡快跑，然而他不知道的是，维迪莱卡并没有走，而是朝他奔了过去。在爆炸前的最后一个瞬间，合力将贝贝推出物爆炸范围，本来紧闭双眼的贝贝感到不对，睁开了眼，不稳定的太空舱虽然不能让他看两个朋友清晰的面容和身影，但完全可以看清莱卡在向他微笑，维迪用身体压住炸弹，用机械臂朝他挥手。贝贝努力操控摇杆，想要飞回去。
就在这时，一道明亮的火光迅速地吞噬了莱卡和维迪，魔鬼蛋飞船的碎片四散开来，尽管宇宙中是真空，不能传播声音，但巨大的“响声”还是震的贝贝头晕，这幅场景让贝贝感到无比的伤心和失落，虽然他活了下来，但他最好的两个朋友永远地离开了他。
正当贝贝被卷入失落中无法自拔时，他忽然从床上坐了起来，这只是一场梦，他有看了看手边的橡皮鸭玩具和在窝里面熟睡着的宠物狗莱卡，这才放下了心。在之后的成长过程中，他仍旧没有忘记这场梦，因为这场梦给了他太真实的感觉，因为他感受到了朋友的温暖，与朋友们一起探索，和魔鬼蛋斗的场面，朋友的牺牲……一直铭刻在他的内心。
直到贝贝长大一些了，经过一日年复一年的训练、探索，为毕业考核准备着，但因为他长期独自一人，加上那场梦境的影响，他的模拟测试一次一次地失败，成绩一次一次的下降，他的心情近乎跌倒了冰点。幸运的是，隔壁空间站要进行设备维护，调来了一位同龄蛋，这是一位跟他长的很像的蛋——星云船长洛洛，他也坐在太空舱里，性格有一点孤僻，考试成绩也不算太好，有蛋提出说想要帮帮他，他只是摆摆手，摇摇头，转身走了。
贝贝对这位新来的成员感到非常高兴和好奇，他们第一次近距离接触是在吃饭的时候。贝贝主动上前搭话：“你好呀，我叫贝贝，之前就在这里训练。” “嗯，你好。” “最近的训练太多了，甚至连喘气的时间都没有。” “是啊。”贝贝见洛洛这样简短的答复，猜测现在他并不想聊天，便没在追问下去。但贝贝太想得到一个朋友了，他就像跟屁虫一样跟在洛洛的身后，被发现时也假装自己只是在干自己的活，洛洛犯了什么小错误（比如掉了个什么东西）贝贝也会第一个冲上前去帮助。渐渐地洛洛也开始注意到并有点接纳这个“奇怪的”蛋了。
有一次他们一起在同一个健身房进行耐力训练，就是在跑步机上跑步，贝贝经常用余光看一看洛洛，看他需不需要帮什么的，洛洛也注意到了这一点，回了一句：“额，没事不用在意我，我的状态不错。”尽管这很难以置信，这确实是洛洛第一次用这么“长”的话回应别的蛋。突然，他重心不稳，一个卡脚摔在了跑步机上，膝盖摔得皮破血流，贝贝见状直接按下急停键，来到他旁边把他扶起，架着他坐在了一旁。“你……先别动，我去找消毒水给你涂一涂。”贝贝手忙脚乱地打开医药箱，为洛洛消毒，最后还贴上创可贴。“咱们两个之前没什么交集，你为什么这么在乎我？”“嗯……这是我经常干的事，我只是想交个朋友嘛，毕竟训练的无聊谁都体会过。”“朋友……你真的愿意？！”“是的，只要你不介意的话。”洛洛被贝贝的话和举动打动了，于是主动跟贝贝握手，“从今以后，我们就是朋友了。”
从那时起，他们陪伴着对方，闲暇时聊聊天，状态不好时安慰他，分享自己的新发现。贝贝也大方地把鸭子玩具（维迪）和宠物狗莱卡介绍给了他，洛洛也非常喜欢。贝贝庆幸自己重新获得了一份友谊，他很在乎这个朋友，因为洛洛的出现填补了那个梦给他内心的创伤，使他重新感觉到了温暖。
最终考核的那天很快就来临了，他们都斗志高昂，势必要通过考核，成为一名合格的航天员。随着考官一声令下，考核正式开始，它们要做的是凭借自己敏捷的身法通过提前设置的障碍，熟练地维修船舱外损坏的部分，并安全返回终点。开头它们进展地非常顺利，到了维修的时候贝贝一个没站稳跌倒了，还好洛洛及时拉住了他，这才没有飞出考核区域，这也耗费了洛洛不少的燃料。
完成任务后洛洛刚想返回时，屏幕上传来了报警消息：“警报！燃料已耗尽，即将停止飞行”，他着急地拍打着仪表盘上的按钮，像找出解决方案，都无济于事。贝贝飞了过来，用无线电对洛洛说道：“你还好吗？”“我的燃料用光了，飞不回去了。”“那我拉着你，咱们一起飞回去”贝贝用余光瞥了一下自己的燃料，估量了一下，要产生双倍推力的话谁都飞不到终点。
贝贝什么话也没说，脑海中回想着洛洛带给他的帮助、温暖，默默地摘下了自己的燃料瓶塞到了洛洛太空舱的燃料瓶位置上，用力把他推向终点，洛洛惊慌地拍打着玻璃，大喊着“贝贝！贝贝！你怎么办啊！”“没事，不用担心我，你先去到终点，再……”洛洛调整好方向，靠着贝贝给的燃料冲过终点线，还没来得及休息，就连忙给自己换上燃料，手里拿着一瓶，朝考核区域内的贝贝冲了过去。在洛洛的帮助下，贝贝也完成了考核。
按理说贝贝的考核是不应该记为通过的，意外的是，考官被贝贝的行为感动了，破格让贝贝通过了，两人都拿到了真正的宇航员资格证。从那以后，两人成为了形影不离的好朋友，正是贝贝给了洛洛帮助，让洛洛最先通过了考核，也正是洛洛，让贝贝重新感受到了友谊的温暖，让他更加重视来之不易的友谊。
